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    von Veröffentlicht: 21.01.2017 13:15
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    Hallo zusammen!

    Diese Woche war eine gute Woche mit Veröffentlichungen diese und letzte Woche im Science Journal. Eure Beiträge waren essentiell für beide Durchbrüche! Hier sind einige Presseartikel, die euch vielleicht interessieren:


    http://www.geekwire.com/2017/big-dat...otein-puzzles/

    https://www.theatlantic.com/science/...rigami/513638/

    http://www.geekwire.com/2017/uw-protein-pockets/

    Vielen Dank erneut an euch für eure unschätzbaren Beiträge zu dieser Wissenschaft!

    David
    Jan 20, 2017



    Weitere gute Neuigkeiten!

    Unser Paper mit dem Namen "Proteinstrukturvorhersage mit Hilfe metagenomischer Datensequenzen" wurde heute im Science Journal veröffentlicht. Wir möchten allen Rosetta@home-Teilnehmern danken, die die benötigten Berechnungen für diese Arbeit durchgeführt haben. In diesem Paper wird beschrieben, wie wir mit Hilfe bekannter, ähnlicher Proteinstrukturen aus metagenomischen Datensequenzen und Rosetta@home die genauen Strukturen für 622 Proteinfamilien, die bislang noch nicht in der Proteindatenbank (PDB) enthalten waren, vorhersagen. Mehr als 100 dieser Strukturen weisen bisher unbekannte Faltungsmuster auf. Da experimentelle Proteinstrukturvorhersage teuer und oftmals kompliziert ist, zeigt diese Forschung auf, wie wichtig Computerberechnungen mit Hilfe metagenomischer Daten für verlässliche Strukturvorhersagen sind. Aufgrund der schnell wachsenden Größe dieser Datensätze, sieht die Zukunft der Proteinstrukturvorhersage strahlend aus! Danke, Rosetta@home-Teilnehmer!

    Hier ist eine interessante Perspektive auf die Veröffentlichung und ihre Bedeutung, geschrieben von Johannes Söding: "Big Data kommt in der Proteinstrukturvorhersage an".

    Weitere ähnliche Neuigkeiten:



    Jan 19, 2017

    Originaltexte:


    Zitat Zitat von https://boinc.bakerlab.org/rosetta/
    Hi Everybody!

    this has been a good week with papers in this and last weeks Science magazine. your contributions were essential for both breakthroughs! here is some of the press you might find interesting:

    http://www.geekwire.com/2017/big-dat...otein-puzzles/

    https://www.theatlantic.com/science/...rigami/513638/

    http://www.geekwire.com/2017/uw-protein-pockets/

    thank you again for your invaluable contributions to this research!!

    David
    Zitat Zitat von https://boinc.bakerlab.org/rosetta/
    More good news!

    Our paper titled "Protein structure determination using metagenome sequence data" was released today in the journal Science. We would like to thank all Rosetta@Home participants who provided the computing required for this work. In the paper, we describe using predicted co-evolving contacts from metagenomics sequence data and Rosetta to accurately predict the structures for 622 protein families that are not represented in the PDB. Among these structures, over 100 were new folds. Since experimental protein structure determination is costly and often difficult, this study highlights the ability to use computational methods with metagenomics data for reliably structure determination. With the rapidly growing size of genomics data, the future in mapping the structure space of protein families looks bright! Thank you Rosetta@Home participants!

    Here is an interesting perspective written by Johannes Söding about the paper and it's significance, "Big-data approaches to protein structure prediction".

    and related news articles:

    Big data (and volunteers) help scientists solve hundreds of protein puzzles
    Seeking Structure With Metagenome Sequences
    Decoding the Origami That Drives All Life
    von Veröffentlicht: 18.01.2017 20:35
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    Die Website von NumberFields@home hat eine Auffrischung erfahren und verwendet nun die neueste Version der BOINC-Serversoftware:

    Aktualisierung auf neueste BOINC-Serversoftware
    Ihr habt vielleicht mitbekommen, dass das Projektforum fast einen Monat lang nicht erreichbar war.

    Das wurde hauptsächlich durch ein Upgrade auf PHP7 verursacht. Nachdem wir alles andere probiert hatten, haben wir uns schließlich entschlossen, auf den neuesten BOINC-Webcode zu aktualisieren.
    10.01.2017, 17:04:35 MEZ


    Außerdem gibt es eine Zusammenfassung der Fortschritte, die das Projekt im letzten Jahr gemacht hat:

    Das Jahr 2016 im Rückblick
    Ich wollte dies kurz vor Neujahr abschicken, aber das Forum funktionierte nicht. Besser spät als nie...

    Das letzte Jahr war ein sehr produktives Jahr für NumberFields@home. Eine Zusammenfassung unserer Leistungen:
    1. Im letzten Mai hat die beschränkte Anwendung ihre mehrjährige Suche vollendet. Sie hat alle nicht primitiven Körper mit dem Grad 10 mit absoluten Diskriminanten kleiner oder gleich 1,2⋅10^11 gefunden.
    2. Im Juli hat dann wie durch ein Wunder eine spezielle Suche den hypothetisch angenommenen Körper gefunden, nach dem sie gesucht hat. Diese Suche lief etwa 10 Monate lang ab und zu. Der Körper war eine A5-Erweiterung von Q(√421), nur bei 2 verzweigt. Ihr könnt in diesem Post mehr darüber lesen:
    https://numberfields.asu.edu/NumberF...ead.php?id=234
    3. Die Anwendung zu regulären Polynomen zehnten Grades verbrachte den Großteil des Jahres mit dem letzten Stufe von "Datensatz 11" (die WUs mit DS-11x271 im Namen). Ihr habt vielleicht auf der Batch-Status-Seite gesehen, dass dieser Teil der Suche nahezu abgeschlossen ist - ein wirklich großer Meilenstein. Die Suche wird mit den höheren Stufen über Q(√2) fortgesetzt.

    Danke an all unsere Freiwilligen, die 2016 zu einem so erfolgreichen Jahr gemacht haben!
    15.01.2017, 00:24:12 MEZ


    Originaltexte:
    Zitat Zitat von https://numberfields.asu.edu/NumberFields/
    Upgrade to latest BOINC server
    You may have noticed the forums have been down for almost a month now.

    This was mainly caused by an upgrade to PHP7. After trying everything else, we finally decided to upgrade the BOINC web code.
    10 Jan 2017, 16:04:35 UTC
    Zitat Zitat von https://numberfields.asu.edu/NumberFields/
    2016 year in review
    I meant to send this just before the new year, but the boards were down. Better late than never...

    Last year was a productive year for NumberFields@home. To summarize our accomplishments:
    1. Last May the bounded app completed its multi-year search. It found all imprimitive degree 10 fields with absolute discriminant less than or equal to 1.2E11.
    2. Then in July a special search miraculously found the hypothesized field it had been searching for. This search had been running off and on for about 10 months. This field was an A5 extension of Q(√421), ramified only at 2. You can read more about it on this post:
    https://numberfields.asu.edu/NumberF...ead.php?id=234
    3. The regular decics app spent the majority of the year on the final tier of "Data Set 11" (those WUs with DS-11x271 in the name). You may have noticed on the batch status page that this subsearch is just about done - a really big milestone. The search will continue with the higher tiers over Q(√2).

    Thank you to all our volunteers who made 2016 such a successful year!
    14 Jan 2017, 23:24:12 UTC
    von Veröffentlicht: 17.01.2017 21:45
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    PrimeGrids erste Megaprimzahl des Jahres 2017 wurde gefunden, es handelt sich um eine weitere Proth-Megaprimzahl:

    PPS-Megaprimzahl!
    Am 16. Januar 2017 um 05:34:40 MEZ hat PrimeGrids Subprojekt PPS Mega Prime Search eine Megaprimzahl gefunden:

    543*2^3351686+1

    Die Primzahl hat 1008961 Dezimalstellen und erreicht in Chris Caldwells Datenbank der größten bekannten Primzahlen Platz 201 insgesamt.

    Die Entdeckung gelang Simon Rawles (rawles) aus dem Vereinigten Königreich mit einem Intel Core i7-5960X @ 3,00 GHz mit 32 GB RAM unter Linux. Dieser Rechner brauchte etwa 56 Minuten für den Primalitätstest mit LLR.

    Die Primzahl wurde am 16. Januar 2017 um 06:06:22 MEZ von Ed Goforth (BlisteringSheep) aus St. Kitts und Nevis mit einem Intel Xeon E5-2620 v3 @ 2,40 GHz mit 64 GB RAM unter Windows Server 2012 R2 bestätigt. Dieser Rechner brauchte etwa 1 Stunde 35 Minuten für den Primalitätstest mit LLR. Ed ist Mitglied des Teams Christians.

    Für weitere Einzelheiten siehe bitte die offizielle Bekanntgabe.
    17.01.2017 | 19:08:23 MEZ

    Originaltext:
    Zitat Zitat von http://www.primegrid.com/
    PPS Mega Prime!
    On 16 January 2017, 04:34:40 UTC, PrimeGrid’s PPS Mega Prime Search project found the Mega Prime:

    543*2^3351686+1

    The prime is 1,008,961 digits long and will enter Chris Caldwell's The Largest Known Primes Database ranked 201st overall.

    The discovery was made by Simon Rawles (rawles) of the United Kingdom using an Intel(R) Core(TM) i7-5960X CPU @ 3.00GHz with 32GB RAM, running Linux. This computer took about 56 minutes to complete the primality test using LLR.

    The prime was verified on 16 January 2017, 05:06:22 UTC by Ed Goforth (BlisteringSheep) of Saint Kitts and Nevis using an Intel(R) Xeon(R) CPU E5-2620 v3 @ 2.40GHz with 64GB RAM, running Microsoft Windows Server 2012 R2. This computer took about 1 hour 35 minutes to complete the primality test using LLR. Ed is a member of the Christians team.

    For more details, please see the official announcement.
    17 Jan 2017 | 18:08:23 UTC
    von Veröffentlicht: 16.01.2017 22:55
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    Durch den Fund einer Primzahl für das letzte kleinere k wurde bewiesen, dass k=50 die kleinste verallgemeinerte Sierpinski-Zahl zur Basis b=844 ist:

    Basis S844 bewiesen
    Am 31. Dezember 2016 hat conf [MM], Mitglied des Teams SETI.USA, die letzte Primzahl für die Basis S844 gefunden.
    Die Primzahl 40*844^246524+1 hat 721416 Dezimalstellen und erreicht die TOP5000 in Chris Caldwells Datenbank der größten bekannten Primzahlen.

    Gut gemacht!
    16.01.2017, 13:37:55 MEZ

    Originaltext:
    Zitat Zitat von http://srbase.my-firewall.org/sr5/
    base S844 proven
    On 31th of Dezember 2016, conf [MM], a member of the team SETI.USA found the last prime for base S844.
    The prime 40*844^246524+1 has 721416 digits and entered the TOP5000 in Chris Caldwell's The Largest Known Primes Database.

    Well done!
    16 Jan 2017, 12:37:55 UTC
    von Veröffentlicht: 13.01.2017 23:40
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    TN-Grid verschickt die SSE2-, AVX- oder FMA-optimierten Anwendungen nun automatisch, eine Installation mittels app_info.xml ist nicht mehr erforderlich:

    Neue Anwendung (v 0.10)
    Wir geben eine neue Version der Anwendung (v 0.10) für alle Plattformen inklusive sse2, avx und fma heraus. Die neue Anwendung ist deutlich schneller als die vorherige, danke an den Benutzer Daniel, der sie erstellt hat. Siehe diesen Thread (http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=135) für weitere Informationen.
    13 Jan 2017, 10:16:40 UTC

    Originaltext:
    Zitat Zitat von http://gene.disi.unitn.it/test/
    New application (v 0.10)
    We are deploying the new version of the application (v 0.10), for all the platforms, including sse2, avx and fma. The new application is way faster than the previous one, thanks to the user Daniel who made it. See this thread (http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=135) for further info.
    13 Jan 2017, 10:16:40 UTC
    von Veröffentlicht: 13.01.2017 23:25
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    Über die Suchmethoden, deren Empfindlichkeit und die Entdeckung dreizehn junger Gammapulsare berichtet die neueste Veröffentlichung von Einstein@Home:

    Ein Dutzend und ein Neutronensterne – Einstein@Home findet 13 neue Gamma-Pulsare
    Eine neue Veröffentlichung mit dem Titel “The Einstein@Home gamma-ray pulsar survey I: search methods, sensitivity and discovery of new young gamma-ray pulsars”, welche die Entdeckung von 13 neuen Gammapulsaren durch Einstein@Home in Fermi-LAT-Daten präsentiert, wurde nun im The Astrophysical Journal veröffentlicht. Ihr könnt die vollständige Veröffentlichung kostenlos auf arXiv lesen (klickt oben rechts auf “PDF”).

    Eine Pressemitteilung, welche die Veröffentlichung zusammenfasst, ist auf der Homepage des Max-Planck-Instituts für Gravitationsphysik verfügbar.

    Wir sind allen Freiwilligen, die ihre CPU-Zeit an Einstein@Home gespendet haben, äußerst dankbar, da diese Durchmusterung ohne sie nicht durchführbar gewesen wäre und diese Entdeckungen nicht möglich gewesen wären. Danke!

    Benjamin für das Projekt Einstein@Home
    11.01.2017 11:00:11 MEZ

    Originaltext:
    Zitat Zitat von https://einsteinathome.org/content/one-dozen-and-one-neutron-stars-%E2%80%93-einsteinhome-discovers-13-new-gamma-ray-pulsars
    One Dozen and One Neutron Stars – Einstein@Home discovers 13 new gamma-ray pulsars
    A new paper, titled “The Einstein@Home gamma-ray pulsar survey I: search methods, sensitivity and discovery of new young gamma-ray pulsars”, that presents the discovery of 13 new gamma-ray pulsars by Einstein@Home in Fermi-LAT data has now been published in The Astrophysical Journal. You can read the full publication for free on the arXiv (click on “PDF” at the top right).

    A press release summarising the publication is available on the homepage of the Max Planck Institute for Gravitational Physics.

    We are extremely grateful to all volunteers who have donated their CPU time to Einstein@Home, without whom this survey could not have been performed and without whom these discoveries would not have been possible. Thank you!

    Benjamin for the Einstein@Home project
    11 Jan 2017 10:00:11 UTC
    von Veröffentlicht: 31.12.2016 19:00
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    Neues Jahr, neues Glück. Die PrimeGrid Challenge Series 2017 beginnt mit einer zehntägigen Challenge anlässlich des Geburtstags von Sir Isaac Newton beim Subprojekt Generalized Cullen/Woodall Sieve. Dieses soll auf diesem Wege etwas angeschoben werden, damit das zugehörige LLR-Subprojekt zeitnah beginnen kann.

    Isaac Newton's Birthday Challenge
    Beginn: 03.01.2017, 18:00 UTC = 19:00 MEZ
    Ende: 13.01.2017, 18:00 UTC = 19:00 MEZ
    Subprojekt: Generalized Cullen/Woodall Sieve (GCW-Sieve)


    Der offizielle Thread zur Challenge im PrimeGrid-Forum ist hier zu finden.

    Es zählen für diese Challenge nur WUs vom Subprojekt Generalized Cullen/Woodall Sieve (GCW-Sieve), die nach dem 03.01. um 19:00 Uhr heruntergeladen und vor dem 13.01. um 19:00 Uhr zurückgemeldet werden! Das richtige Subprojekt kann in den PrimeGrid-Einstellungen ausgewählt werden.

    Gefragt sind ausschließlich CPUs. Eine Anwendung gibt es für Windows, Linux und MacOS (Intel), jeweils 32bit und 64bit. Die 64bit-App klar schneller als die 32bit-App, also ist ein 64bit-Betriebssystem sehr zu empfehlen. Auch Hyperthreading bringt keinen Nachteil, wohingegen Befehlssatzerweiterungen wie AVX und FMA3 hier keine Vorteile bringen und daher auch ältere CPUs recht gut mithalten können.

    Die WU-Laufzeiten betragen auf den schnellsten Rechnern 1-2 Stunden. Quorum ist 2, im Gegensatz zu den Credits werden die Punkte für die Challenge sofort gutgeschrieben und im Falle eines falschen Ergebnisses nachträglich wieder abgezogen.

    Ein Tipp für einen reibungslosen Start:
    Das Subprojekt besteht eigentlich aus 14 verschiedenen Subprojekten, von denen jedes ein eigenes Sievefile in der Größenordnung von etwa 1 MB benötigt. Dieses wird jeweils mit der ersten dazugehörigen WU heruntergeladen und verbleibt dann auf dem Rechner. Da beim Start vermutlich viele Rechner diese Dateien neu herunterladen müssen, kann es von Vorteil sein, die Dateien bereits vorher herunterzuladen. Dazu gibt es folgende Möglichkeiten:

    1. Bereits vor der Challenge einige GCW-Sieve-WUs crunchen.
    2. Die Dateien gc**_20161231.sieveinput manuell von http://www.primegrid.com/download/gcw_sieve/ herunterladen und im BOINC-Datenverzeichnis unter \projects\www.primegrid.com einfügen.
    3. Die Dateien von einem anderen Rechner kopieren, der sie bereits heruntergeladen hat.


    Team-Stats bei PrimeGrid
    User-Stats bei PrimeGrid

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    von Veröffentlicht: 24.12.2016 18:05
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    Darüber hinaus gibt es noch einen Weihnachtsgruß und eine Vorankündigung, dass sich bei Sourcefinder, dem anderen Projekt von theSkyNet, in Kürze etwas tun wird:

    Frohe Weihnachten / Frohe Festtage!
    Hallo zusammen!

    Es war sicher ein langes Jahr und etwas holprig für theSkyNet, aber langsam bringen wir alles wieder auf Reihe.

    Ich möchte bekanntgeben, dass die Arbeiten an Sourcefinder nun fertig für einen Betatest sind, also erwartet eine Ankündigung zu Sourcefinder im neuen Jahr!

    Außerdem möchte ich euch allen dafür danken, eure Rechenzeit für POGS zu spenden, das gesamte theSkyNet-Team weiß die Arbeit, die ihr für uns leistet, sehr zu schätzen

    Zum Schluss wünsche ich euch allen frohe Weihnachten und ein frohes neues Jahr vom theSkyNet-Team. Wenn ihr nicht Weihnachten feiert, so wünsche ich euch stattdessen frohe Festtage!
    24.12.2016, 6:19:00 MEZ

    Originaltext:
    Zitat Zitat von http://pogs.theskynet.org/pogs/
    Merry Christmas / Happy Holidays!
    Hi Everyone!

    It's certainly been a long year, and a little rocky for theSkyNet, but we're slowly bringing things back on track.

    I would like to announce that work on Sourcefinder has come to the stage where it's ready to go into beta, so look out for a Sourcefinder announcement in the new year!

    Also I want to say thank you to everyone for volunteering their computer time to POGS, everyone on theSkyNet team greatly appreciates the work you do for us

    So I'll close with a big Merry Christmas and a Happy New year to all of you from theSkyNet team. If you don't celebrate Christmas, Happy Holidays to you instead!
    24 Dec 2016, 5:19:00 UTC
    von Veröffentlicht: 23.12.2016 17:50
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    Gleich zu Beginn des Jahres 2017 wird Einstein@Home aufgrund einer Netzwerkwartung kurzzeitig nicht erreichbar sein, die Auszeit sollte allerdings nicht allzu lang dauern:

    UWM-Netzwerkwartung
    Die Netzwerkbetreiber der UWM muss unsere Internetverbindung für routinemäßige Wartungsarbeiten trennen. Deshalb wird das Projekt Einstein@Home am Montag, den 2. Januar 2017, ab 10:00 UTC nicht erreichbar sein. Das ist 11:00 MEZ für die meisten Europäer und 05:00 EST für die Ostküste Nordamerikas. Die Netzwerk-Auszeit wird weniger als 20 Minuten dauern.
    22.12.2016 15:17:13 MEZ

    Originaltext:
    Zitat Zitat von https://einsteinathome.org/de/content/uwm-network-maintenance
    UWM network maintenance
    The UWM network operations need to shutdown our Internet connection for routine maintenance. As a result, the Einstein@Home project will be down on Monday January 2, 2016 [sic!]; starting at 1000 UTC. That is 1100 CET for most Europeans and 0500 EST for East-coast North America. Network downtime will be less than 20 minutes.
    22 Dec 2016 14:17:13 UTC
    von Veröffentlicht: 15.12.2016 11:44
    1. Kategorien:
    2. Projekte

    Die (Nord-)Wintersonnenwende steht bevor, somit sind das Jahr 2016 und die neunte Ausgabe der PrimeGrid Challenge Series auf der Zielgeraden. Auch in diesem Jahr dürfen zum Schluss noch einmal insbesondere die Grafikkarten glühen:

    Winter Solstice Challenge
    Beginn: 18.12.2016, 10:44 UTC = 11:44 MEZ
    Ende: 21.12.2016, 10:44 UTC = 11:44 MEZ
    Subprojekt: Proth Prime Search Sieve (PPS-Sieve)


    Der offizielle Thread zur Challenge im PrimeGrid-Forum ist hier zu finden.

    Es zählen für diese Challenge nur WUs vom Subprojekt Proth Prime Search (Sieve), die nach dem 18.12. um 11:44 Uhr heruntergeladen und vor dem 21.12. um 11:44 Uhr zurückgemeldet werden. Bitte die ungewohnte Start- und Endzeit beachten! Das passende Subprojekt kann in den PrimeGrid-Einstellungen festgelegt werden.

    Folgende Anwendungen sind verfügbar:
    CPUs: Windows (32bit/64bit), Linux (32/64), MacOS (Intel32/64)
    NVIDIA-GPUs: Windows, Linux, MacOS
    ATI/AMD-GPUs: Windows, Linux, MacOS

    Es werden alle CUDA-fähigen NVIDIA-Grafikkarten unterstützt, sofern ein nicht völlig veralteter Treiber installiert ist.

    Bei den ATI/AMD-Karten wird der OpenCL-fähige APP-Treiber benötigt (bei aktuellen Treiberpaketen standardmäßig dabei). Natürlich muss die Grafikkarte auch OpenCL unterstützen, also ist mindestens eine HD4xxx erforderlich.

    Die schnellsten NVIDIA-Grafikkarten (Fermi, Kepler, Maxwell, Pascal) brauchen unter 10 Minuten pro WU, ATI/AMD-Karten sind ein Stück langsamer, CPUs werden einige Stunden brauchen. Es gibt feste 3371 Credits pro WU, entsprechend werden für die Statistik einfach nur die Credits gezählt. In der Statistik werden auch die Punkte für abgelieferte, aber noch nicht validierte WUs gezählt. Sollte sich ein Ergebnis später als falsch herausstellen, werden diese Punkte wieder abgezogen.

    Team-Stats bei PrimeGrid
    User-Stats bei PrimeGrid

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