Aktionen

POEM@HOME

Aus SETI.Germany Wiki

POEM@HOME
POEM@HOME
Ziel:Hilf mit bei der Optimierung von Proteinen
Kategorie:Chemie
Homepage:http://boinc.fzk.de/poem/
Betreiber:Karlsruher Institut für Technologie Deutschland
Status:inaktiv/beendet
Projektadressen
Serverstatus:POEM@HOME
Forum:POEM@HOME Forum
SETI.Germany
Team-Statistik:POEM@HOME
Teambeitritt:SETI.Germany beitreten
Forenthread:SETI.Germany Forum
Workunits
POEM Protein Folding Mehr Informationen einblenden
Frist:7 Tage
Laufzeit:
  • 1,5 - 15 Stunden
    (i7 860)
Erster Download:2,64 MB
Download:~ 70 kB
Betriebssysteme:Linux 32 Bit Mac OS (Intel) Windows 32 Bit
Bildschirmschoner:Vorhanden
Checkpoints:Vorhanden

Die Laufzeit variiert je nach Komplexität des Proteins.

POEM++ Mehr Informationen einblenden
Frist:7 Tage
Betriebssysteme:Linux 64 Bit Windows 32 Bit
Bildschirmschoner:Nicht vorhanden
Checkpoints:Nicht vorhanden
POEM++ OpenCL Mehr Informationen einblenden
Frist:14 Tage
Laufzeit:
  • ca. 30 min Laufzeit bei 765Mhz
    (ATI 5850 (Win))
  • ~ 104 min
    (NVIDIA GTX 750 ti (Win 7 x64))
  • 59 Min Version 2.21
    (ATI R7 260x)
Erster Download:ca. 4,6 MB
Download:ca. 130 kb
Upload:11 - 128 kb
Betriebssysteme:Linux 64 Bit Windows 32 Bit
GrafikkartenATI NVIDIA CUDA
Bildschirmschoner:Nicht vorhanden
Checkpoints:Vorhanden

erst ab Boinc v7.x

OpenCL erst ab HD4xxx

Neue 2.21 App Version

POEM@HOME (Protein Optimization with Energy Methods, Proteinoptimierung mit Energiemethoden) des Karlsruher Instituts für Technologie verwendet einen neuartigen Ansatz, um die biologisch aktive Struktur von Proteinen, die Interaktion zwischen Proteinen und Krankheiten, die mit Fehlfunktionen der Proteine zusammenhängen besser zu verstehen, was der Entwicklung neuer Medikamente auf der Basis von dreidimensionalen Proteinstrukturen dient.

Einsatz von AMD-/NVidea-Grafikkarten

Voraussetzungen

Betriebssysteme

Es werden die Betriebbsysteme Windows als auch Linux in ihren unterschiedlichen Versionen/Distributionen unterstützt.

BOINC Client

BOINC unterstützt ab der Version 7.0.2 offiziell die Berechnung von Daten auf AMD-Grafikkarten-Prozessoren. Da der Support verschiedener Karten weiter ausgebaut wird, empfiehlt sich vor der Installation ein Upgrade des BOINC-Clients auf die jeweils aktuell empfohlene Version.

Mit genauer auf die Grafikkarte angepassten Einstellungen (app_info.xml Datei) kann die Effizienz meist erheblich gesteigert werden. Da der RAM-Verbrauch auf der GPU-Karte nur etwa 128MB ist, können bis zu 8 Workunits gleichzeitig berechnet werden. Aktuelle Poem-Workunits, die von der Grafikkarte berechnet werden, brauchen zusätzlich eine nicht unerhebliche Unterstützung durch die CPU. Als grobe Faustregel sollte man mindesten 0,5 - besser 1 CPU-Core je Workunit kalkulieren. Die Auslastung der GPU (siehe zB. "GPU-Z") ist also abhängig von der 'Zuarbeit' der CPU.

Grafikkarten

Voraussetzung ist eine AMD- oder NVidia-Grafikkarte, deren Chip die Kompatibilität zur Programmiersprache --> OpenCL 1.0 beherrscht.

ATI / AMD: Bestätigt ist dies für folgende Karten der Radeon-Baureihe:

  • --> Grafikkarten der HD 4000'er -Serie ab der Version HD 4770 ...
  • alle Grafikkarten der HD 5000' / 6000' und 7000'er -Serie ...

Es funktionieren natürlich auch hier alle X2-Karten mit jeweils 2 GPUs pro Karte. Mobile Onboard-Grafiklösungen der Version HD 5000 + HD 6000 und zukünftige Generationen können bedenkenlos am Projekt beteiligt werden!

weitere Hinweise/Anmerkungen

Ältere Grafikkarten der HD-Baureihe sowie mobile Onboard-Grafiklösungen in Notebooks beherrschen die zwingend notwendige Unterstützung von OpenCL 1.0 nicht! Diese Aussage leitet sich aus der Feststellung weiter oben in dieser Beschreibung ab. (Bezugspunkt: HD 4xxx) Dementsprechend ist es nicht möglich, mit diesen älteren Grafikkarten für das Projekt zu rechnen.

app_config.xml für Version 2.21 ff, GPU auslastung ist schon mit einer Wu sehr gut, für mehr Wu's einfach Teiler bei <gpu_usage> ändern, zb. 0.5 gleich 2 Wu paralel auf einer Grafikkarte. Achtung, in Version 2.21 kommt es bei AMD Karten zu Berechnungsfehler bei mehr als einer Wu. Die Version ist für AMD CGN Strukturen optimiert (7xxx und rx 2xx). Auf Nividia Maxwell (750er, 900er) läuft die App auch besser als auf Kepler und älter.

<app_config>

  <app>
     <name>poemcl</name>
     <gpu_versions>
         <gpu_usage>1.0</gpu_usage>
         <cpu_usage>0.9999</cpu_usage>
     </gpu_versions>
   </app>

</app_config>

Der CPU Usage Wert knapp unter 1 soll bewirken das GPU Task im Windows Taskmanager eine höhere Prio als CPU Tasks bekommen.

Nvidia Grafikkarten:

Für Nvidia GPU gibt es eine app_info, die es ermöglicht eine oder mehrere WU´s gleichzeitig laufen zu lassen. In unteren Beispiel laufen 3 WU´s jeder einzelnen WU wird ein ganzer CPU Kern zur Verfügung gestellt.

<app_info>
<app>
<name>poemcl</name>
</app>
<file_info>
<name>poemcl_1.3_windows_intelx86__opencl_nvidia_100</name>
<executable/>
</file_info>
<app_version>
<app_name>poemcl</app_name>
<version_num>3</version_num>
<avg_ncpus>1.0</avg_ncpus>
<max_ncpus>1.0</max_ncpus>
<plan_class>opencl_nvidia_100</plan_class>
<cmdline></cmdline>
<coproc>
<type>NVIDIA</type>
<count>0.33</count>
</coproc>
<flops>6.0e11</flops>
<file_ref>
<file_name>poemcl_1.3_windows_intelx86__opencl_nvidia_100</file_name>
<main_program/>
</file_ref>
</app_version>
</app_info>

Kurzanleitung app_info:
- alle fertigen POEM WUs zurückschicken (gehen sonst verloren)
- BOINC beenden (richtig, nicht nur den Manager)
- neue Textdatei erstellen
- umbenennen von "neue Textdatei.txt" in "app_info.xml"
- Frage bestätigen.. ja, wirklich
- Rechtsklick drauf und "bearbeiten"
- Text aus Franks Beitrag kopieren und dort einfügen
- die Leerzeichen in den beiden langen Dateinamen entfernen, die fügt die Forensoftware leider ein ("nvidia_1 00" -> "nvidia_100" und "nvi dia_100" -> "nvidia_100")
- die Datei in dein BOINC-Datenverzeichnis verschieben, Ordner mit der Adresse von POEM
- BOINC neu starten

[1]

Treiber

Benötigt wird außerdem ein AMD Catalyst Treiber. Treiberversionen ab dem Catalyst 11.6 werden unterstützt.

Besser ist der neuere 12.1a http://support.amd.com/de/Pages/AMDSupportHub.aspx

Videos

Fernsehbeitrag zu POEM@HOME (youtube.com)

Weblinks